中国科学技术大学上海研究院是中国科学技术大学在上海创办的一所新型研究院，正式成立于2004年7月30日。研究院以潘建伟院士为科研带头人，凝聚起一支结构合理、多学科交叉、优势互补、密切协作的人才队伍。
学院已建立多项研究平台，研究条件具有国际先进水平，研究成果多次入选国际物理学重大年度进展、国家科技部年度基础科学研究十大新闻和中国高校科技十大进展。
2009年4月，国际杰出的青年科学家潘建伟量子团队进驻上海研究院，“量子工程中心”正式成立，标志国家微尺度实验室布局上海的战略规划迈出了重要的第一步。该中心汇集了德国海德堡大学以及国内外一流人才共计30余人的研究团队，团队成员年轻且均是通过国家“长江学者”计划等方式引进的国外杰出人才。量子工程中心研究领域为量子光学与量子信息，研究方向包括量子力学基本原理检验、光纤量子通信、自由空间量子通信、量子存储与量子中继、光学量子计算、超导量子计算、超冷原子量子模拟、量子精密测量以及相关理论研究等。中心已经搭建了众多相关实验平台，建立和发展了一整套与量子信息实验研究相关的分析探测设备和手段，研究条件具有国际先进水平。