上海交通大学重庆研究院是由重庆两江新区管理委员会举办，由上海交通大学管理运营的事业单位，研究院总部设在两江新区，是重庆市创新体系的重要组成部分，产学研融合发展、先行先试、开放合作的重要平台和策源地。重庆研究院是代表上海交通大学在重庆市内开展一切管理和营运工作的单位。
重庆研究院主要面向重庆市相关产业建设科研技术服务平台，开展技术咨询、技术服务、分析检测等业务；汇聚高端人才，在科技和人才方面积极开展国内外合作与交流，不断提升研究院在相关行业的影响力；面向重庆市相关产业建设上海交通大学重庆培训中心，承载人才培养功能。