深圳市现代农业装备研究院经中共深圳市委机构编制委员会批复成立，由广东省现代农业装备研究所、深圳市农业科技促进中心、中国农业机械化科学研究院共同建立，是按照国家、省、市共建的模式，不定机构规格，不核定编制，实行自主管理运营的事业单位。
在业务定位上，研究院将聚焦国家现代农业生产方式转变、提质增效的紧迫需求，立足深圳新一代信息技术、人工智能、高端装备制造和人才资源先发优势，重点围绕现代种业、智慧农业和食品产业等应用领域农机农艺融合、农机信息化融合等“两融”难题，建立“三平台一基地”，即农业信息感知共性技术平台、农业传感器技术研发平台、大数据+系统认知分析平台和农业智能装备研发基地，布局无人农场，强化农业关键核心技术装备创新，推动深圳现代信息技术产业与农机装备融合发展，以引领式、颠覆性创新为目标抢占国际农业人工智能科技发展的制高点。
在管理方式上，研究院将实行理事会领导下的院长负责制，实行新型研发机构投资主体多元化、管理制度现代化、运行机制市场化、用人机制灵活化的运作模式。设立多元化投融资公司，并对人才实施股权、期权激励和分红权激励等中长期激励措施。