中国农业机械化科学研究院呼和浩特分院有限公司前身是机械工业部呼和浩特畜牧机械研究所，成立于1960年。1998年11月整建制并入中国农业机械化科学研究院，1999年转制为中央直属科技型企业。
呼和浩特分院是从事畜牧业装备技术研究与产品开发并具有自营进出口权的专业科研机构，也是较早从事风能、太阳能利用技术研究的科研单位之一。分院是全国畜牧机械行业技术归口单位，是国家草原畜牧业装备工程技术研究中心、国家地方联合太阳能干燥技术工程实验室、全国风力机械标准化技术委员会、全国农业机械标准化技术委员会畜牧机械分技术委员会、中国农业机械学会畜牧机械学会和机械工业畜牧机械产品质量监督检测中心、风力机械产品质量监督检测中心的挂靠单位，其中国家草原畜牧业装备工程技术研究中心已经成为我国草原畜牧业装备行业工程化集成化技术源头、工程化科研成果试验测试基地和中试基地、高水平工程化人才培养基地及科研成果工程化信息服务中心。
分院现有从业人员580人，其中各类专业技术人员150人，专业技术人员中高中级专业技术人员77人，其中研究员12人，获国家特殊津贴专家3人。截止2019年分院共完成科研技术开发项目1052项，拥有专利140项；绝大部分在生产中得到推广应用，其中获国家级、省部级等科技成果奖123项，为国民经济建设和畜牧业机械化做出了突出贡献。进入“十三五”以来，我院共承担国家和地方重点科技项目（课题）47项。