南京大学模式动物研究所是南京大学发育生物学和遗传学的主要科学研究和人才培养基地之一，已建立遗传学、发育生物学、肿瘤生物学、分子心血管学、代谢疾病和生物信息学等多个研究方向。研究所以功能基因组学和实验动物学为基本研究对象，结合小鼠、果蝇、斑马鱼等模式动物，在分子、细胞和整体动物等不同层次上研究基因功能、基因调控及疾病发生过程的生物学机制。研究所于2009年5月通过了“模式动物与疾病研究教育部重点实验室”的验收。

      研究所全部PI从国外留学、工作人员中招聘或引进。现有教授15人，副教授2人，讲师3人，兼职教授4人，其中教育部长江计划特聘教授1人，杰出青年基金获得者2人，973项目首席2人，新世纪优秀人才2人。培养的南京大学学生114人，目前在所合作培养人员近40人。

      自2001年来，研究所成员共承担研究国家和省部级项目50余项，其中包括有国家“十五”攻关重点项目、国家“十一五”科技支撑重点课题、国家基础研究重点项目、十五国家重大科技专项、国家杰出青年基金，国家自然科学基金重大项目、国家自然科学基金面上项目等。

      南京大学-南京生物医药研究院旨在充分利用南京大学（特别是国家遗传工程小鼠资源库）在生物医药领域的人才、技术和资源优势，推动科技成果转化，拓展新的生物医药工程技术的研究开发，承接国家重大研究项目，实施科研成果产业化和技术服务，培育和发展创新型科技企业，培训生物医药的高端人才。研究院以促进发展新兴生物高科技企业为目标，现已合作、参股了南京沐赛生物技术有限公司、南京徇齐生物技术有限公司、南京南晶生物技术有限公司和南京语意生物技术有限公司。同时，研究院致力于开展各项国际合作，与澳大利亚西澳大学合作成立了中澳骨关节疾病研究中心；与英国医学研究院合作了蛋白泛素化研究及相关小鼠模型共享平台；同时加入了国际小鼠表型分析联盟，并作为主席单位主办了2012年度亚洲小鼠表型分析联盟会议。