南京大学模式动物研究所
南京大学模式动物研究所是南京大学发育生物学和遗传学的主要科学研究和人才培养基地之一，已建立遗传学、发育生物学、肿瘤生物学、分子心血管学、代谢疾病和生物信息学等多个研究方向。研究所以功能基因组学和实验动物学为基本研究对象，结合小鼠、果蝇、斑马鱼等模式动物，在分子、细胞和整体动物等不同层次上研究基因功能、基因调控及疾病发生过程的生物学机制。研究所于2009年5月通过了“模式动物与疾病研究教育部重点实验室”的验收。
研究所全部PI从国外留学、工作人员中招聘或引进。现有教授15人，副教授2人，讲师3人，兼职教授4人，其中教育部长江计划特聘教授1人，杰出青年基金获得者2人，973项目首席2人，新世纪优秀人才2人。培养的南京大学学生114人，目前在所合作培养人员近40人。
自2001年来，研究所成员共承担研究国家和省部级项目50余项，其中包括有国家“十五”攻关重点项目、国家“十一五”科技支撑重点课题、国家基础研究重点项目、十五国家重大科技专项、国家杰出青年基金，国家自然科学基金重大项目、国家自然科学基金面上项目等。
国家遗传工程小鼠资源库
2001年12月，在国家“十五”科技攻关重点项目的支持下，南京大学启动建设“国家遗传工程小鼠资源库”，并相应成立了南京大学模式动物研究所。
国家遗传工程小鼠资源库是集遗传工程小鼠的资源保存与供应、疾病模型创制与开发和实验动物人才培训为一体的国家级科技基础条件服务平台。其核心任务是针对国家生物医药创新和发展的需求，为科研机构及医药产业提供完整的人类重大疾病模型保种、生产、供应、信息咨询和人才培训等服务。资源库也是我国实验动物研发和合作的国际窗口，将推动我国在相关领域处于国际领先地位，全面促进我国生命科学、医学、药学等相关学科的发展。
资源库是国家科技部唯一认证的国家级遗传工程小鼠种子中心。资源库管理由理事会负责，由实验动物管理委员会（IACUC） 按照AAALAC国际标准执行其功能，在专家技术咨询和支持委员会的指导下，通过资源库管理办公室直接管理下设的八个部门。资源库于2006年10月和2009年10月两次获得了AAALAC实验动物国际认证，标志着其实验动物管理制度已达到了国际最高标准。同时资源库领衔启动了中国小鼠基因剔除计划，并成为亚洲小鼠突变和资源联盟的主席单位，也是中国唯一的国际小鼠表型分析联盟单位。
资源库建立了成熟的转基因、基因剔除和ENU化学诱变等基因组改造技术平台，成为亚洲最大的基因剔除技术服务中心。通过科研合作和培训等方式，资源库向国内数百家科研单位、医院及制药企业提供各种小鼠模型，并开展转基因与基因剔除小鼠的表型分析的合作研究，包括肿瘤、代谢、心血管、生物节律和生殖等多个系统。资源库的合作单位几乎囊括了国内所有的优秀科研机构，并与全球最大的几家跨国制药公司，以及美、英、澳、日的多家研究机构建立了良好合作关系。
南京大学—南京生物医药研究院
2009年7月9日，为了加快高新区生物医药发展进程，充分利用南京大学在生物医药领域的人才、技术、资源和信息优势，推动生物医药领域的科技成果转化，提高南京市乃至全国的生物医药领域自主创新能力，打造国际知名的南京生物医药产业园，南京大学与南京高新技术产业开发区协议共同建设“南京大学-南京生物医药研究院”。
在市委市政府的关心和支持下，研究院于2009年12月28日由南京市事业机构编制委员会批复建立，于2010年3月在国家事业单位登记管理局完成登记注册。
研究院旨在充分利用南京大学（特别是国家遗传工程小鼠资源库）在生物医药领域的人才、技术和资源优势，推动科技成果转化，拓展新的生物医药工程技术的研究开发，承接国家重大研究项目，实施科研成果产业化和技术服务，培育和发展创新型科技企业，培训生物医药的高端人才。
自成立以来，研究院全面推进生物医药研发平台建设和企业孵化，包括原代细胞与KE抗哮喘药研发平台、南京高新生物医药产业创新中心、大动物疾病模型开发合作平台、模式动物研究物联网管理系统应用开发与经营及人源化小鼠疾病模型开发平台等。同时，研究院致力于开展各项国际合作，与澳大利亚西澳大学合作成立了中澳骨关节疾病研究中心；与英国医学研究院合作了蛋白泛素化研究及相关小鼠模型共享平台；同时加入了国际小鼠表型分析联盟，并作为主席单位主办了2012年度亚洲小鼠表型分析联盟会议。